وُلد محمد خاتمي في مدينة أردكان في إيرانَ، نشأ خاتمي في كنَف أسرةٍ تُركمانيةٍ مُتديِّنةٍ، ودخلَ مدرسةَ قُمَّ الدينيةَ عامَ 1961م، بعد إنهائه دراستَه الابتدائية، ودرس الفلسفةَ، وحصلَ على إجازة البكالوريوس في الفلسفة من جامعة أصفهانَ، واستكملَ دراستَه الدينيةَ بعد ذلك في معهد قُمَّ، وفي العام 1970م عاد ليدرسَ العلوم التربوية في جامعة طهرانَ، وعاد بعدَها إلى قُمَّ لدراسة علم الاجتهاد.
في عهد الشاه كان لخاتمي نشاطاتٌ سياسيةٌ معارضةٌ، فشارَكَ في نشر البيانات الصادرة عن مؤسس الجمهورية الإيرانية آية الله الخُميني، كان عضوًا ناشطًا في اتحاد الطلبة في الجامعة، كما أنَّه كان قريبًا من محمد منتظري وأحمد الخُميني، كما أنه ترَأَّس مركزَ هامبورج الإسلامي في ألمانيا في المدةِ التي سبَقَت انتصار الثورة في إيرانَ عامَ 1979م.
وتمَّ انتخابُ خاتمي ليكونَ خامسَ رئيسٍ للجمهورية.