وتطلق على الفترة ما بين (800 – 1521) م, التي اتسمت بكثرة الحروب الأهلية، والتي دامت طويلاً بين البابوية والإمبراطورية، واتسمت بظهور حركات الخروج على مبادئ الكنيسة فيما وسَمَتها الكنيسة بالهرطقة، ولذلك توسعت في استخدام محاكم التفتيش ضد هذه الحركات، وضد الأصوات المنادية بالإصلاح الكنسي. وفي تلك الفترة أيضاً كانت بداية الحروب الصليبية، بالإضافة إلى فتح المسلمين للقسطنطينية عام (1453) م ويمكن تقسيم أهم أحداث الكنيسة الكاثوليكية خلالها إلى:
- العهد فيما بين شارلمان وجريجوري السابع (800 - 1073) م: وفيه ازدهرت البابوية، حيث اعتبر شارلمان المتوَّج من البابا ليو الثالث (800) م, نفسه حامياً للبابوية، وأنه رأس الكنيسة والدولة معاً، فأصبح يعيِّن الأساقفة، ويتولَّى رئاسة المجامع الرئيسية التي يدعو إليها، بالإضافة إلى تشريعه للقوانين اللازمة للكنيسة – القانون الكنسي – كما اهتمَّ بإصلاح المدارس الدينية، ورفع مستوى رجال الدين الثقافي؛ فظهرت لذلك نهضة علمية واسعة في عصره، إلا أن الصراع مع البابوية تجدَّد مرة أخرى؛ لرغبة البابا ليو الثالث في التخلص من سيطرة الإمبراطور، لكنه لم يفلح في ذلك.
- الشقاق العظيم: والمراد به الاختلاف الكبير الذي أدَّى إلى الانفصال النهائي للكنيسة الشرقية والأرثوذكسية عن الكنيسة الغربية الكاثوليكية، بعد محاولة البابا ليو التاسع 1054 م فرض عقائد وأفكار الكنيسة الغربية على الشرق، التي رفضها بطريرك القسطنطينية ميخائيل كيرولاريوس، الأمر الذي فجَّر ما بينهما من الخلافات القديمة حول انبثاق روح القدس.
- العهد فيما بين البابا جريجوري السابع والبابا بويفيس ( 1073- 1294) م: كان للبابوية في هذه الفترة دورها الكبير في تقرير تاريخ أوروبا كما كان لها في السابق، وذلك بعد سلسلة من الصراعات بين البابوية والإمبراطورية التي عقد من أجلها اللاتران الأول عام (1112) م, والثاني عام (1139) م, الذي أعلن فيه البابا أنوسنت الثاني (1130 - 1143) م, أن البابا له السيادة العليا على جميع الحكام العلمانيين. وما أنتهى هذا الصراع في هذه المرحلة إلا بعد توقيع الصلح بين البابوية والإمبراطور فردريك (1177) م. ومن أهم أحداث هذه الفترة انطلاق الحملات الصليبية التي دعا إليها البابا جريجوري السابع عام (1074)م. وقد أعلن عن بداية هذه الحملات البابا أوربان الثاني في مجمع كليرمونت عام (1095) م، ولم يكتب لهذه الحملات النصر إلا في الحملة الأولى، ثم انكسرت شوكتهم بعد ذلك. كما شهدت تلك الفترة ظهور حركات الهرطقة ضد الكنيسة، ومنها حركة المارسونية التي تُمثل أكبر بدعة ناهضت الكنيسة في تلك الفترة، بالإضافة إلى سقوط القسطنطينية على يد الحملة الصليبية الرابعة (1453) م، بالإضافة إلى تقنين القانون الكنسي.
- العهد بين البابا بونيفيس الثامن إلى عهد الإصلاح (1294-1517) م: وهذه الحقبة التاريخية تمثل آخر فترات القرون الوسطى في أوروبا، وفيها اشتدَّ الصراع بين البابوية والإمبراطورية التي عملت على تفتيت قوة ونفوذ البابوية إلى أن تمَّ إضعافها تحت ضربات حركات الإصلاح المتتالية، وتأسيس كنيسة البروتستانت المعترضين. ومن أهم الأحداث الكنيسية في تلك الفترة: فشل حركات الإصلاح الكنسي؛ لتواطؤ البابا مارتن الخامس والبابا أبو جينوس الخامس(1417-1447) م على إجهاض حركات الإصلاح؛ تحقيقاً لأطماعهم الشخصية. كما شهدت تأسيس عدد من الجمعيات الرئيسية لمساعدة الكنيسة ضد حركات الخروج عليها، وإمدادها بأتباع مخلصين مثل: اليسوعيين عام (1534) م، والإخوان الفرنسيسكان والإخوان الدومينكان.
- مجمع ترنت (1542 - 1563) م: الذي عقد على أثر ثورات الإصلاح التي علا صوتها بعد إعدام حناهس التي من أبرزها ثورة مارتن لوثر التي ساندتها الحكومة والشعب الألماني. وفي الوقت نفسه كان في سويسرا ثورة أخرى بقيادة الرخ زونجلي، ليعارض الكنيسة، ويؤيد دعوة لوثر، فعُقِد مجمع ترنت ليقرر عدم قبول آراء الثائرين، ويقضي بمحاكمة لوثر أمام محكمة التفتيش، ثم ليصدر البابا ليو العاشر قراراً بحرمانه من الحقوق المدنية والرئيسية والقانونية، ليظهر بعد ذلك معارض ثالث في فرنسا: جون كلفن ( 1509- 1564) م, الذي هرب إلى سويسرا لينشر مبادئ مارتن لوثر، ويجمع حولها الأنصار، وتؤيده في ذلك بعض الدول؛ ليتقلص نفوذ الكنيسة الغربية - الكاثوليكية- وتنفصل عنها كنيسة جديدة - البروتستانتية - لتزيد من الفرقة والشقاق في العالم النصراني، ولتشتعل الحروب الطاحنة بين الكنيستين لعدة سنوات التي ذهب ضحيتها خلق كثير، حتى أمكن التوصل إلى صلح - صلح أوجزبرج - سنة (1555) م, على أساس إقرار مبدأ إسيبير الأول سنة (1526) م, القائل بأن لكل أمير الحق في اختيار المذهب الذي يريد سريانه في إمارته. وهكذا غربت شمس الكنيسة الكاثوليكية، وتقلَّص سلطانها؛ إذ أصبح بمقدور كل دولة الخروج على سلطة البابا.
- مجمع روما (1769) م: في هذا الجو العاصف بالحركات الثائرة على الكنيسة عُقِد هذا المجمع ليحدث مزيداً من الانشقاق داخل الكنيسة بسبب تقريره عصمة البابا، لتظهر جماعة من المخالفين للقرار، سمَّوا أنفسهم بالكاثوليك القدماء.
- موقف الكنيسة من العلم والعلماء: ما أن ظهرت في أوروبا بوادر ما يسمى بالنهضة العلمية المتأثرة بحضارة المسلمين في الأندلس بعد ترجمة العلوم الإسلامية واليونانية إلى اللاتينية، وبرز عدد من العلماء الذين بيَّنوا بطلان آراء الكنيسة العلمية، وبخاصة في الجغرافيا والفلك، حتى تصدَّت لهم الكنيسة استناداً على ما ورد في الإصحاح الخامس من إنجيل يوحنا: (إن كان أحد لا يثبت فيَّ، يُطرح خارجاً كالغصن فيجف، ويجمعونه ويطرحونه في النار فيحترق). ولذلك استخدمت ضدهم الرقابة على الكتب والمطبوعات؛ لئلا يذيعوا آراءً مخالفةً للعقيدة الكاثوليكية، وتوسَّعوا في تشكيل محاكم التفتيش ضدهم، وقد حكمت تلك المحاكم في الفترة من (1481 - 1499) م, على تسعين ألفاً وثلاثة وعشرين شخصاً بأحكام مختلفة، كما أصدرت قرارات تحرِّم قراءة كتب جاليليو وجيوردا نويرنو، وكوبرنيكوس، ونيوتن؛ لقوله بقانون الجاذبية الأرضية، وتأمر بحرق كتبهم. وقد أحرق بالفعل الكاردينال إكيمنيس في غرناطة ثمانية آلاف كتاب مخطوط؛ لمخالفتها آراء الكنيسة.