قال أبو حيَّان التوحيديُّ: " سألني وزيرُ صمصام الدَّولة بن عضُدِ الدولة عن زيد بن رفاعة في حدود سنة 373 قال: لا أزالُ أسمَعُ مِن زيد بن رفاعة قولًا يَريبُني، ومذهبًا لا عهد لي به، وقد بلغني أنَّك تغشاه وتجلِسُ إليه وتُكثِرُ عنده. ومن طالت عشرتُه لإنسانٍ أمكَنَ اطِّلاعُه على مستكنِّ رأيه. فقلت: أيُّها الوزيرُ، عنده ذكاءٌ غالِبٌ، وذهن وقَّاد. قال: فعلى هذا ما مذهَبُه؟ قلت: لا يُنسَبُ إلى شيءٍ، لكنه قد أقام بالبصرةِ زمانًا طويلًا وصادف بها جماعةً لأصنافِ العِلمِ، فصَحِبَهم وخَدَمهم، وكانت هذه العُصابةُ قد تألَّفَت بالعِشرة وتصافَتْ بالصَداقةِ، واجتمعت على القُدسِ والطَّهارة والنصيحةِ، فوضعوا بينهم مذهبًا زعموا أنَّهم قرَّبوا به الطريقَ إلى الفوز برضوانِ الله، وذلك أنهم قالوا: إنَّ الشريعةَ قد تدنَّسَت بالجَهالاتِ واختَلَطت بالضَّلالاتِ، ولا سبيل إلى غَسلِها وتطهيرِها إلَّا بالفَلسفةِ!!! وزَعموا أنَّه متى انتظَمَت الفلسفةُ اليونانيَّة والشَّريعة العربية فقد حصل الكَمالُ، وصنفوا خمسين رسالة في خمسينَ نَوعًا من الحكمة، ومقالةً حاديةً وخمسين جامعةً لأنواعِ المقالات على طريقِ الاختصارِ والإيجازِ، وسمَّوها "رسائل إخوان الصَّفا" وكتَموا فيها أسماءَهم وبثُّوها في الورَّاقينَ ووَهبوها للنَّاسِ، وحَشَوا هذه الرسائلَ بالكَلِمات الدينيَّة، والأمثال الشرعيَّة، والحروف المجتَمِعة، والطُّرُق الممَوَّهة، وهي مبثوثةٌ مِن كُلِّ فنٍّ بلا إشباعٍ ولا كفايةٍ، وفيها خرافات وكنايات، وتلفيقات وتلزيقات، فتَعِبوا وما أغْنَوا، وغَنَّوا وما أطرَبُوا، ونسَجُوا فهَلْهَلوا، ومَشَطوا ففَلْفَلوا!! وبالجملة فهي مقالاتٌ مُشوِّقاتٌ غيرُ مستقصاةٍ، ولا ظاهرة الأدلة والاحتجاج". ولما كتم مصنِّفو رسائل إخوان الصفا أسماءَهم، اختلف النَّاسُ في الذي وضعها، ولا تزال مصدرَ خِلافٍ بين عُلَماءِ الإسلام والتساؤل حولَ الانتماء المذهبيِّ للجماعة؛ فالبعض اعتبَرَهم من أتباع المدرسة المعتزِليَّة، والبعض الآخر اعتبرهم من نِتاجِ المدرسةِ الباطنيَّة، وذهب البعض الآخر إلى وصْفِهم بالإلحادِ والزندقة. قال الذهبي عنها: "حُبِّبَ إلى أبي حامدٍ الغزالي إدمانُ النَّظرِ في كتابِ "رسائل إخوان الصفا" وهو داءٌ عُضالٌ، وجَرَبٌ مُرْدٍ، وسمٌّ قتَّالٌ، ولولا أنَّ أبا حامد من كبارِ الأذكياء، وخِيارِ المُخلِصين، لتَلِفَ؛ فالحَذارِ الحَذارِ مِن هذه الكتبِ، واهربوا بدينِكم من شُبَهِ الأوائلِ، وإلَّا وقَعْتُم في الحَيرةِ، فمن رام النَّجاةَ والفوزَ فلْيَلزم العبوديَّة، ولْيُدمِن الاستغاثةَ باللهِ، ولْيَبتَهِلْ إلى مولاه في الثَّباتِ على الإسلامِ، وأن يُتوفَّى على إيمانِ الصَّحابةِ, وسادةِ التابعين، واللهُ المُوَفِّق، فبُحسنِ قَصدِ العالِمِ يُغفَرُ له وينجو، إن شاء اللهُ".