كان قد مَلَكَ سمرقند أحمدُ خان بن خضر خان، وهو ابنُ أخي تركان خاتون، زَوجةِ السُّلطانِ ملكشاه، وكان صَبِيًّا ظالِمًا، قَبيحَ السِّيرَةِ، يُكثِر مُصادَرةَ الرَّعيَّةِ، فنَفَروا منه، وكَتَبوا إلى السُّلطانِ سِرًّا يَستَغيثون به، ويَسأَلونَه القُدومَ عليهم لِيَملِك بِلادَهم، فتَحرَّكَت دَواعي السُّلطانِ إلى مُلْكِها، فسار من أصبهان، وجَمعَ العَساكرَ من البلادِ جَميعِها، فعَبَرَ النهرَ فلمَّا قَطعَ النهرَ قَصَدَ بُخارى، وأَخذَ ما على طَريقِه، ثم سار إليها ومَلَكَها وما جاوَرَها من البلادِ، وقَصَدَ سمرقند ونازَلَها، وحَصرَ البلدَ، وضَيَّقَ عليه، وأَعانَه أَهلُ البلدِ بالإقاماتِ، وفَرَّقَ أحمد خان، صاحِبُ سمرقند، أَبراجَ السُّورِ على الأُمراءِ ومَن يَثِقُ بهِ مِن أَهلِ البَلدِ، فرَمَى السُّلطانُ ملكشاه السُّورَ بالمنجنيقات، فأَحدثَ فيه عِدَّةَ ثُلَمٍ، وأَخَذَ أَحدَ الأَبراجِ، فلمَّا صَعدَ عَسكرُ السُّلطانِ إلى السُّورِ هَربَ أحمدُ خان، واختَفَى في بُيوتِ بَعضِ العامَّةِ فدُلَّ عليه وأُخِذَ وحُمِلَ إلى السُّلطانِ وفي رَقَبَتِه حَبلٌ، فأَكرَمَه السُّلطانُ، وأَطلَقَه وأَرسلَه إلى أصبهان، ومعه مَن يَحفَظهُ، ورَتَّبَ بسمرقند الأَميرَ العَميدَ أبا طاهرٍ عَميدَ خوارزم.