لمَّا قُتِلَ عُثمانُ بن عفَّانَ مَظلومًا في دارهِ بَقِيَ الأمرُ في المدينةِ دون خَليفةٍ، وكان يُديرُها الغافِقِيُّ المِصْريُّ وهو مِن رُؤوسِ الفِتنَةِ هو وأصحابُه، وحاوَلوا تَولِيةَ سعدٍ وابنِ عُمَرَ ولكن لم يَتِمْ لهم الأمرُ، فعرَض الصَّحابةُ الأمرَ على عَلِيِّ بن أبي طالبٍ فرفَض في اليومِ الأوَّلِ، ثمَّ جاءَهُ طَلحةُ والزُّبيرُ وبايَعوهُ في اليومِ الثَّاني، ثمَّ بايَعهُ النَّاسُ إلَّا القَليلَ مِن الصَّحابةِ، وبذلك تَسَلَّمَ أُمورَ الخِلافَةِ رضِي الله عنه وأرضاهُ. وقد وَرَدَ أنَّ عَلِيًّا قال: اللَّهمَّ إنِّي أَبْرَأُ إليك مِن دَمِ عُثمانَ، ولقد طاشَ عَقْلِي يومَ قَتْلِ عُثمانَ، وأَنكرتُ نَفْسِي، وجاؤوني للبَيْعَةِ فقلتُ: والله إنِّي لأسْتَحْيِي مِن الله أن أُبايِعَ قومًا قَتلوا رجلًا قال فيه رسولُ الله صلَّى الله عليه وسلَّم: (إنِّي لأَسْتَحْيِي ممَّن تَسْتَحِي منه الملائكةُ). وإنِّي لأسْتَحِي مِن الله أن أُبايِعَ وعُثمانُ قَتيلٌ في الأرضِ لم يُدْفَنْ بعدُ. فانصرفوا، فلمَّا دُفِنَ رجَع النَّاسُ يسألوني البَيْعَةَ فقلتُ: اللَّهمَّ إنِّي أُشْفِقُ ممَّا أُقْدِمُ عليه، ثمَّ جاءت عَزْمَةٌ فبايَعَت.