لما وقف الخليفةُ القائم بأمر الله في صفِّ المماليك الظاهرية في فتنتِهم ضِدَّ السلطان الأشرف إينال ظنًّا منه أنه يُخلَعُ فيزداد بذلك مرتبةً فوق التي هو فيها بوقوفِه مع هؤلاء المماليك، ولكن لما انكسر أمرُهم ومَسَك السلطانُ الأشرف إينال الخليفةَ ووبَّخه على وقفته هذه، أمر بحبسه بالبحرةِ من قلعة الجبل، وخلعه من الخلافة بأخيه يوسف في يوم الخميس ثالث شهر رجب، ثم أرسل الخليفةَ القائمَ بأمر الله في يوم الاثنين سابع رجب إلى سجن الإسكندرية، فسجن بها مدة سنين، ثم أُطلِقَ من السجن، وسكنَ بالإسكندرية إلى أن مات بها في أواخر سنة 862، فأصبح الخليفةُ هو أبو المحاسن يوسف بن المتوكل ولقِّب بالمستنجد بالله.