بعد وفاة المطهر بن شرف الدين زعيم الجبهة الزيدية وقائد المقاومة عام 980هـ, انتهى دور آل شرف الدين لتعقبهم فترة تدهور للمقاومة ضد الأتراك، واستمر الوضع ربع قرن حتى ظهر الإمام القاسم بن محمد، قائدًا لثورة عارمة ضد العثمانيين، وأسس جيلًا جديدًا من الأئمة الزيدية واستمروا في حكم اليمن بين مد وجزر حتى زمن الثورة الجمهورية عام 1962م، وقد تميَّز تاريخ الفترة اللاحقة بالنضال الدؤوب من قبل اليمنيين جميعًا بزعامة الأئمة من بيت الإمام القاسم بن محمد الذي تمكن من فرض صلح مع الوالي العثماني محمد باشا يحق للإمام بمقتضاه من حكم المناطق الشمالية لصنعاء على المذهب الزيدي المخالف لمذهب العثمانيين السُّني الحنفي، وبعد وفاة الإمام القاسم عام 1029هـ / 1620م, خلفه ابنه محمد الملقب بالمؤيد، وهو الذي تمكن بعد انتقاض الصلح بين الطرفين من مقارعة الأتراك، وتم طردهم نهائيًّا من اليمن عام 1045هـ / 1635م, وصارت بذلك اليمن أول ولاية عربية تخرجُ عن فلك الدولة العثمانية، ولكنَّها عادت إلى اليمن ثانية عام 1266هـ / 1848م أي بعد أكثر من قرنين من الزمان.