كان بونابرت وقت اندلاع المعركة خارجَ القاهرة، فعاد إليها مسرعًا ونصب المدافِعَ على تلال المقطَّم لتعاون مدافع القلعة في إطلاق القنابل على حي الأزهر، مركز حركة الجهاد وشُعلته المتأجِّجة. ففي اليوم الثاني للثورة (22 أكتوبر) حين شرع الثوارُ في مهاجمة مقر القيادة الفرنسية العامة بحي الأزبكية، كان الجنود الفرنسيون يهاجِمون الجامع الأزهر، ثم دخلوه وهم راكبون الخيول وسَلَبوا ما كان فيه من الودائِعِ وألقَوا الكتب والمصاحفَ على الأرض وداسوها بأرجلهم ونعالهم! وظل الجنود الفرنسيون يحتلون الأزهر حتى ذهب وفدٌ من مشايخه إلى بونابرت يطلبون منه الجلاءَ عنه، فكان ذلك نهاية للثورة التي استمَرَّت ثلاثة أيام (21-23 أكتوبر) وانتقم الفرنسيون من المسلمين في القاهرة وضواحيها أبشَعَ انتقام، فنَهَبوا ديار حي الأزهر والأحياء المجاورة، وأعدموا صغار المشايخِ الذين حرَّضوا على الثورة وصادروا ممتلكاتهم، وأحاطوا القاهرةَ وضواحيها بالحصون والقلاع والمعاقل، وهدموا في سبيل ذلك الشيءُ الكثير من المنازل والقصور.