لَمَّا نزل الفرنسيون بالإسكندرية أخذوا محمد كريم الذي كان بيده أمرُ الديوان والجمارك ومصادرات التجار خصوصًا من الإفرنج في الإسكندرية، فحبسوه وطالبوه بالمال وضيَّقوا عليه في المركب، ولَما حضروا إلى مصر وطلعوا إلى قصر مراد بيك، وفيها اطَّلعوا على أخبار محمد كريم وتعَرَّفوا على اجتهاده في حربِهم وتهوين أمرِهم وتنقيصِهم، فاشتد غيظُهم عليه فأرسلوا وأحضروه إلى مصر وحبَسوه، ولم تنفع الشفاعات فيه أبدًا، ثم إنهم طالبوه بقَدرٍ معين من المال كبير يَعجِز عنه وأمهلوه اثنتي عشرة ساعة فقط لإحضاره وإلَّا كان حتفُه، فسأل الناس والمشايخ، وكان يقول: اشتروني يا مسلمين! ولكن كان كلٌّ مشغول بنفسه يترقَّبُ ما يحُلُّ به، فانقضت المهلة ولَمَّا يجمعْ ما طلب منه، فأركبوه على حمار يتقدَّمهم طبل يضربون عليه حتى وصلوا به إلى الرميلة وكتَّفوه وربطوه مشبوحًا وضربوا عليه بالبنادق كعادتهم في القتل، ثم قطعوا رأسَه ورفعوه على نبوت وطافوا به يقولون: هذا جزاء من يخالف الفرنسيين، ثم إنَّ أتباعه أخذوا رأسَه ودفنوه مع جثته، وكان ذلك في يوم الخميس الخامس عشر من ربيع الأول لهذا العام!!