جاءت مَرحلةُ الدولةِ الكَثيريةِ الثانيةِ، على يدِ السُّلطانِ جَعفرِ بنِ علِيِّ بنِ عُمَرَ بنِ جَعفرٍ الكَثيريِّ، الذي جاء مِن هِجرتِه الطويلةِ بجاوةَ والهِندِ سنةَ 1218م، ثم أقام أوَّلًا بهنن، وشَرَع يُكاتِبُ الشنافِرَ وفَهدًا وأعيانَ السادةِ العَلويةِ، ويَبثُّ الدُّعاةَ لِإحياءِ دولةِ آلِ كَثيرٍ، وقامَ بشراءِ عَبيدٍ وجَنَّدَهم لِلقتالِ، ثم قَويَ أمرُه واستَولى على مَناطقَ مِن حَضرَمَوتَ، وأرسَلَ جُيوشَه غَربًا وشَرقًا، وفي عَهدِه وضَعَ حَدًّا لِلفَوضى والأزَماتِ الطائفيةِ والنِّزاعاتِ التي نَشأت في عَهدِ الدولةِ الكَثيريةِ الأُولى، واتَّسَم عهدُ الدولةِ الكَثيريةِ الثانيةِ بالاستِقرارِ السياسيِّ، ثم بدأت تَضعُفُ الدولةُ عندَما تأسَّست جارَتُها السَّلطنةُ القُعَيْطيَّةُ، حتى انتهت باغتيالِ السُّلطانِ مَنصورِ بنِ عُمَرَ بنِ جَعفرِ بنِ عيسى بنِ بَدرٍ الكَثيريِّ، على يَدِ الجمعدارِ عَوضِ بنِ محمدٍ القُعَيْطيِّ عامَ 1274هـ، واستَولى القُعَيْطيُّونَ على شِبامَ.
ثم جاءت مَرحلةُ الدولةِ الكَثيريةِ الثالثةِ، باستيلاءِ السُّلطانِ غالِبِ بنِ مُحسِنٍ الكَثيريِّ على الحُكمِ، لكنه دخَلَ في مُنافسةٍ وصِراعٍ مع السَّلطنةِ القُعَيْطيَّةِ التي بدأت تَتكوَّنُ في ذلك الوقتِ نَفْسِه. إلا أنَّ السَّلطنةَ القُعَيْطيَّةَ كانت شديدةَ الاتِّساعِ، حيث انتزعَتْ أجزاءً كبيرةً مِن حَضرَموتَ كانت تَحتَ حُكمِ السَّلطنةِ الكَثيريةِ التي بدأت تَضعُفُ شَيئًا فشَيئًا.