استعمرت فرنسا جُزُرَ القمر الكبرى وأنجوان ومايوت وموهيلي، ما بين عامي 1843 و1920م، وقد وضعَتْها فرنسا تحت إدارةِ الحاكم العام في مدغشقر. وفي سنوات لاحقةٍ أقام فيها المقيمون الفرنسيون والشركاتُ الفرنسية وبعضُ التجار العرب الأغنياء اقتصادًا زراعيًّا يعتَمِدُ على المزارع التي كانت تصدِّرُ ثلث الإنتاج. وفي سنة 1947م أصبحت جزرُ القمر واحدةً من الأقاليم الفرنسية فيما وراء البحار، وأعطيت تمثيلًا في البرلمان الفرنسي. وقيل: عُرِفَت جزر القمر دوليًّا لأول مرة عندما ظهرت على خريطةِ العالم التي رسَمَها الرحالة البرتغالي ديوجو ريبير عام 934هـ 1527م، ورغم سيطرةِ النفوذ الإسلامي والعربي على الجزرِ، فإنَّ الاضطرابات كانت تسودها، واستطاعت فرنسا أن تفرِضَ سيطرتها على جزيرة مايوت هذا العام، وقام وفدٌ من سكان جزيرة أنجوان بمقابلةِ قائد القوات المصرية في شرق إفريقيا رضوان باشا في 1292هـ 1875م، وطلبوا منه دخولَ الجزيرة تحت الحمايةِ المصرية، إلَّا أن الحكومة المصرية كانت مشغولةً بتدعيم سيطرتها على مناطِقَ أخرى أكثَرَ مِن اهتمامِها بتلك الجزر الصغيرة؛ لذلك لم تعطَ هذه الدعوةُ أيَّ اهتمام، فوقَّع حكام أنجوان معاهدة مع الإنجليز سنة 1300هـ 1882م نصَّت على إلغاء تجارة الرقيق في الجزيرة، فثار تجَّارُ الرقيق على هذه المعاهدة، واندلعت حروب أهلية، فطلب حكامُ الجزيرة فَرْضَ الحماية الفرنسية عليهم، ووقِّعَت معاهدة بذلك في 1304هـ 1887م، أما جزيرة موهيلي فاحتلتها فرنسا سنة 1303هـ 1886م. ورغم وجودِ أغلبية مسلمة في الجُزُر الأربع فإنَّهم لم يكن لهم دور فعَّالٌ في مقاومة النفوذ الفرنسي، كما لم يحاولوا تنظيم أنفسهم، وانشغلوا بالحروبِ الأهلية فيما بينهم. وصدر قرارٌ فرنسي سنة 1330هـ 1912م أصبحت بموجِبِه هذه الجزر مستعمرةً فرنسية، وأُلحِقَت بمدغشقر، وبَقِيَت تتبعها عامين، ثم انفصلت وأصبحت مستعمَرةً مستقلةً حتى الحرب العالمية الثانية. وفَرَضَت بريطانيا سيطرتَها على الجزر أثناء الحربِ بعد هزيمة فرنسا أمام ألمانيا، واتخذتها قاعدةً لسفنها الحربية في المحيط الهندي، ثم عادت هذه الجزرُ إلى فرنسا بعد انتهاء الحرب.