وُلِد عامَ 1370هـ/ 1951م بالقاهرةِ، ودرَس فيها جميعَ مراحِلِ دراستِه حتى تخرَّج في جامعةِ عينِ شمسٍ من كليَّةِ الطِّبِّ قِسمِ جراحةٍ عامَّةٍ.
انضمَّ إلى جماعةِ الإخوانِ المسلِمين ثمَّ انشقَّ عنها والتحق بجماعةِ الجهادِ الإسلاميِّ المصريَّةِ، وبعدَ إعلانِ الجهادِ في أفغانِستانَ ضِدَّ الرُّوسِ انتقل إليها وتعرَّف هناك على أُسامةَ بنِ لادِن، وأسَّس معه تنظيمَ القاعدةِ، ثمَّ أصبح رئيسًا للتَّنظيمِ بعدَ مَقتَلِ ابنِ لادِن.
قُتِل أيمنُ الظَّواهِريُّ في غارةٍ جويَّةٍ بطائرةٍ مُسَيَّرةٍ شنَّتها المخابَراتُ الأمريكيَّةُ في كابُل، عاصمةِ أفغانِستانَ.