كانت البدايةُ في أنَّ بعض قواد الأتراك من المشغِّبين قد جاؤوا إلى المستعين وسألوه العفوَ والصَّفحَ عنهم ففعل، فطلبوا منه أن يرجِعَ معهم إلى سامرَّا التي خرج منها إلى بغداد؛ بسبب تنكُّرِ بعض هؤلاء القادة الأتراك له، فلم يقبَلْ وبقي في بغداد، وكان محمد بن عبدالله بن طاهر قد أهان أحدَ القادة الأتراك، فزاد غضَبُهم، فلما رجعوا إلى سامرَّا أظهروا الشغب وفتحوا السُّجونَ وأخرجوا من فيها، ومنهم المعتزُّ بن المتوكل وأخوه المؤيَّد الذين كان المستعينُ قد خلعهما من ولاية العهد، فبايعوا المعتز وأخذوا الأموالَ من بيت المال، وقَوِيَ أمرُه، وبايعه أهلُ سامرَّا، والمستعينُ في بغداد حصَّن بغداد خوفًا من المعتز، ثم إن المعتز عقد لأخيه أبي أحمد بن المتوكِّل، وهو الموفَّق، لسبعٍ بَقِين من المحرَّم، على حرب المستعين، ومحمَّد بن عبد الله بن طاهر وجرى القتال بينهم وطالت الحربُ بينهما حتى اضطُرَّ محمد بن عبدالله بن طاهر إلى أن يُقنِعَ المستعين بخلعِ نَفسِه ويشترط شروطًا، فرضي بذلك فاستسلَمَ وكتب شروطَه وبايع للمعتزِّ وبايعت بغداد، وانتقل المستعينُ إلى واسط بعد أن خلعَ نَفسَه، ثم أرسل المعتزُّ إليه من قتَلَه في شوال من نفس العام، فكانت مدَّة خلافته أربع سنين وثلاثةَ أشهر وأيام.